مستفاد از قسمت اخیر ماده 341 قانون آیین دادرسی کیفری مصوب 1392 و اصلاحات و الحاقات بعدی، در مواردی که پرونده به طور مستقیم در دادگاه مطرح شود انجام تحقیقات مقدماتی توسط دادگاه باید طبق مقررات مربوط صورت گیرد، بنابراین در جرائمی که مستقیماً در دادگاه مطرح شود مقررات تعقیب حاکمیت داشته و توسط دادگاه قابل اعمال است و لذا با لحاظ اینکه مطابق ماده 79 قانون فوقالذکر اصولاً صدور قرار ترک تعقیب از اختیارات دادستان است در غیر مواردی که پرونده امر مستقیماً در دادگاه مطرح میگردد، دادگاه نمیتواند نسبت به اعمال مقررات مربوط به ماده قانونی یاد شده اقدام نماید و تنها در موارد طرح مستقیم پرونده در دادگاه اختیار صدور قرار ترک تعقیب را (در صورت وجود شرایط قانونی) تا پایان مرحله تحقیقات مقدماتی خواهد داشت.