اولاً مرجع بررسی و اتخاذ تصمیم در خصوص موجه یا غیر موجه بودن اعتراض نسبت به قرارهای نهایی صادره از دادسرا، دادگاه است؛ زیرا دادگاه، مرجع رسیدگی به اصل اعتراض است و تشخیص طرح آن در موعد قانونی نیز بر عهده همان مرجع است. ثانیاً چنانچه پس از مهلت مقرر قانونی به قرار منع تعقیب یا موقوفی تعقیب و یا اناطه صادره از سوی دادسرا لایحه اعتراض تقدیم شود، دادسرا مکلف است آن را اخذ کند، ولو اینکه خارج از مهلت باشد، ضمیمه پرونده نموده و به دادگاه ذی‌صلاح ارسال دارد که دادگاه نیز با ملاحظه پرونده و احراز خارج از مهلت بودن اعتراض، قرار ردّ آن را صادر می‌نماید و قرار ردّ مزبور با توجه به اصل قابلیت تجدیدنظر آرای دادگاه‌ها و با اتخاذ ملاک از مواد 432 و 440 قانون آیین دادرسی کیفری 1392 حسب مورد قابل تجدیدنظر (اعتراض) در دادگاه تجدیدنظر استان یا دیوان عالی کشور است.