1- اولاً، با توجه به مقررات تبصره یک اصلاحی 1/2/1394 ماده 9 قانون افزایش بهره‌وری بخش کشاورزی و منابع طبیعی مصوب 23/4/1389 و نیز رأی وحدت رویه شماره 750 مورخ 5/5/1395 هیأت عمومی دیوان عالی کشور، از آن‌جا که هیأت موضوع ماده واحده قانون تعیین تکلیف اراضی اختلافی موضوع ماده 56 قانون حفاظت و بهره‌برداری از جنگل‌ها و مراتع مصوب 29/6/1367 با انقضاء مدت پنج سال مقرر در تبصره یاد شده فوق صلاحیت رسیدگی به اعتراضاتی که بعد از تاریخ یاد شده (23/4/1394) در کمیسیون مذکور مطرح شود، ندارد، لذا قاضی کمیسیون با صدور قرار رد درخواست معترض به استناد مقررات یاد شده، معترض را جهت طرح دعوای مقتضی به شعب ویژه دادگاه‌های مراکز استان که به رسیدگی به این اعتراضات اختصاص یافته دلالت می‌کند.
ثانیاً، آراء صادره از شعب ویژه موضوع تبصره یک فوق‌الاشعار، وفق مقررات قانون آیین دادرسی دادگاه‌های عمومی و انقلاب در امور مدنی مصوب 1379 قابل تجدید نظر است.
2- اولاً، نظر به این‌که به موجب تبصره 3 ماده 4 آیین‌نامه اجرایی تبصره 3 (الحاقی 1/2/1394) ماده 9 قانون افزایش بهره‌وری بخش کشاورزی و منابع طبیعی، رسیدگی کمیسیون موضوع تبصره 3 الحاقی (رفع تداخلات ماده 9 قانون یاد شده) مقدم بر رسیدگی هیأت‌های تعیین تکلیف اراضی اختلافی بوده لذاوظیفه قانونی کمیسیون رفع تداخلات با توجه به مواد 2 و 3 آیین‌نامه اجرایی یاد شده، تشخیص تداخل در اجرای مقررات ملی شدن اراضی با مقررات موازی و حسب مورد اتخاذ تصمیم در مورد وجود یا عدم تداخل مقررات مذکور و در فرض پذیرش تداخل، عندالاقتضاء صدور رأی بر «اصلاح نقشه‌ها، سوابق و اسناد مالکیت آن‌ها و رفع موارد اختلاف نسبت به آن‌ها و اصلاح اسناد ماکیت و صدور اسناد اراضی کشاورزی» وفق تبصره یاد شده می‌باشد. در موارد یاد شده، رسیدگی هیأت‌های تعیین تکلیف اراضی اختلافی به پرونده‌های مطروحه مربوط به اعتراضات اشخاص نسبت به تشخیص اداره منابع طبیعی، موکول به تصمیم قطعی کمیسیون رفع تداخلات موضوع تبصره 3 الحاقی یاد شده بوده و رسیدگی هیأت‌های یاد شده تا تعیین تکلیف موضوع در کمیسیون رفع تداخلات متوقف و سپس این هیأت‌ها با لحاظ رأی کمیسیون رفع تداخلات، رأی مقتضی صادر می‌نمایند.
ثانیاً، تبصره 3 الحاقی به ماده 9 قانون افزایش بهره‌وری بخش کشاورزی و منابع طبیعی موضوع ماده 54 قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر و ارتقاء نظام مالی کشور مصوب 1394 نافی صلاحیت محاکم دادگستری در رسیدگی به اعتراض اشخاص نسبت به تشخیص منابع طبیعی نیست و مفاد تبصره 3 ماده 3 آیین‌نامه اجرایی تبصره 3 الحاقی ماده 9 قانون یادشده مصوب 7/4/1394 هیأت وزیران که به موجب آن رسیدگی هیأت‌های تعیین تکلیف اراضی اختلافی موکول به تصمیم کمیسیون رفع تداخل اجرای قوانین و مقررات موازی در اجرای آیین‌نامه شده است، قابل تسری به رسیدگی دادگاه‌های دادگستری اعم از بدوی یا تجدیدنظر نمی باشد.
لازم به ذکر است که صلاحیت قانونی هیأت مورد اشاره در تبصره یک ماده 9 قانون افزایش بهره‌وری بخش کشاورزی و شعب ویژه منحصراً رسیدگی به اعتراض نسبت به اجرای ماده 56 اصلاحی قانون حفاظت و بهره‌برداری از جنگل‌ها و مراتع بوده و به اراضی موات داخل یا خارج شهرها و روستاها تسری ندارد.